甲申年（1644）三月十九日，李自成攻克北京，崇祯皇帝以发蒙面，缢死煤山。五月初一，凤阳总督马士英扶从河南逃来的福王朱由崧在南京监国，十五日即皇帝位，改年号弘光。为马士英策划这一切的，是阮大铖。他很快得到起复，官居兵部尚书。弘光朝政遂为马、阮把持，在此一年中，他们的所为可用两件事来概括，一是贪黩，一是报复。阮大铖废斥十七年所攒下的所有怨恨，一一化为寻仇之举。
马、阮先是设法将史可法挤出南京，去扬州当督师，继而令张慎言、高弘图、姜曰广、吕大器、刘宗周、徐石麒等或退或罢。待绊脚石俱已清除，就着手兴狱构陷。先造“顺案”。“顺”字在此一字数用，兼指李闯“大顺”之“顺”，和归顺李闯的官吏，同时阮大铖当年身陷“逆案”，这里特以一个“顺”字作针锋相对的翻案文章，将自京逃归的周钟复社领袖、光时亨东林骨干等下狱，再以周钟牵连周镳。周钟、周镳是堂兄弟，而周镳在《留都防乱公揭》事件中非常卖力，有人对阮大铖说：“周镳之名，以诟公而重，诸名士之党，又以诟公而媚镳。”阮遂“衔镳刺骨”。
周钟、周镳被逮，仅为序幕，后面有一连串的逮捕名单，顾杲、陈贞慧、侯朝宗、杨廷枢、太冲本人乃至徐汧、祁彪佳、徐石麒、吕大器、陈子龙悉在其列。事实上，阮大铖一共编了三本名册，册内都是他拟予打击的对象：“阮大铖作正续《蝗蝻录》《蝇蚋录》，盖以东林为蝗，复社为蝻，诸和从者为蝇为蚋。”即《蝗蝻录》正、续二本，《蝇蚋录》一本。蝗、蝇易懂，蝻是蝗之幼虫，蚋便是蚊子。他以蝗、蝻、蝇、蚋为比喻，分别列入东林、复社成员，以及东林、复社的追随者。甲申年十二月起，接连发生大悲和尚、南来太子等案，因案情牵及帝位，阮大铖认为是绝好由头，就此发难，列“十八罗汉五十三参之名，海内清流，皆入其内。”“罗汉”“菩萨”等名目，与魏忠贤编造《东林点将录》，比照《水浒传》“一百单八将”给东林要人逐一加派诨的做法，一脉相承。
这当中，阮大铖最为痛恨的，便是《留都防乱公揭》之事，“大铖聚起南中，遂案揭中一百四十人姓氏，欲尽杀之”，凡在上面签名的一百四十人，一个不落，俱欲杀而后快。
朱由崧监国诏书发表，太冲得讯即往南京，“上书阙下”，欲于国难当头之际，稍尽绵薄。所以差不多弘光这一年从头至尾，太冲都在南京，这也是他在南京待得最久一次。可能甫到南京，阮大铖已开始他的迫害行动。据李清《南渡录》，阮某“顺案”之计提出于甲申年六月中旬：“壬申六月十六日，命严核从逆诸臣。时阁臣士英以荐阮大铖为中外攻，甚忿。大铖亦语人云：‘彼攻“逆案”，吾作“顺案”相对耳。’于是士英疏攻从逆。”过了一个月，七月癸卯十八日逮
捕令正式下达：“革从逆诸臣职，命法司察有确据者先行抚按解京正事”，周钟即逮捕名单上的头名。而太冲《弘光实录钞》说：
钟之就逮，臣遇之句容道中，语臣欲辨其诬。
周钟是从金坛常州附近家中就逮解往南京，句容则在南京东南与镇江之间，他们于此相遇，显然太冲正在来南京的路上，故而我们可以推知太冲是在七月二十日左右到的南京。
可以说，太冲双脚尚未踏入南京，就已经撞上了阮大铖的一次报复行动。但这个时候，大家好像都还没有意识到周钟被逮背后的阴谋。周钟降闯是确凿的；北变消息传来，周钟行径引起极大愤慨，在金坛，“合学绅衿遂相与诟詈之”，朝廷为崇祯皇帝所颁正式讣告五月初六发布到达的那天，“诸缙绅哭临三日”，并齐至当地文庙，毁掉周钟祖父的从祀牌位。之后，冲到周家，“碎其门榜”。惩办从逆，是各方一致呼声。而阮大铖鬼就鬼在这里，他揪住周钟乃虚晃一枪，借此为过渡，来牵出周钟的堂兄弟周镳。太冲过后写道：
而镳者，阮大铖贸首之仇也。大铖欲杀镳而不得，遂以钟事中镳……大铖无心于杀钟，以因镳以累钟，事之不可知如斯也。
阮大铖以“边才”自居，颇嗜兵法，这一招使的是“借刀杀人计”。当时谁也没看出来，所以太冲会叹“事之不可知如斯也”。
八月二十四日己卯；《南渡录》为丙子即八月二十一日，眉目方始显露出来。这一天，阮大铖某爪牙参周镳等，其逻辑是这样：
按律，谋危社稷者，谓之谋反，大逆不道，宜加赤族之诛，以为臣子之戒。今其指周钟胞弟周铨，尚厕衣冠之列；其堂弟周镳，俨然寅清之署，均当从坐，以清逆党。
周镳及雷祚当即下狱。据《南渡录》，同时被参者多达十余人，其中包括姜曰广、刘宗周那样的高级别官员，只因反对者众，袁继咸、熊汝霖各有疏言，不得已，先拿周、雷二人是问。
周镳不仅是太冲入复社的介绍人，两人还很谈得来。崇祯十二年，太冲访周镳于其家，当时正发疟疾，但见面后“谈至夜分而疟不发”。周镳被逮后，太冲拟入狱一会而未果：
仲驭在狱，余欲入视之，而稽察甚严，徒以声相闻而已。负此良友，痛哉！
周镳和雷祚后于乙酉年四月初九（1645年5月4日）遇害：
谓二人实召左兵，趣赐自尽。乃各作家书，互书“先帝遗臣”于腹，投缳死。遗命勿葬，如伍子胥抉目事，置棺雨花台侧，未浃月不足一个月而南都破矣。
左兵，指左良玉兵变。周镳以周钟从逆事连坐而被捕，却因左良玉兵变被杀，可见阮大铖的随心所欲。不过，这实际也是他新生一计。全祖望说：“虽良玉自为避流贼计，然大铖以为揭中人所为也。”意思是，兵变其实是左氏为躲避李自成而找的借口，阮大铖却将计就计，说成是“揭中人”亦即搞防乱公揭那伙人招诱来的，因为这个理由最能煽起朱由崧、马士英的愤怒，使他们同意大规模惩治复社分子。
果然，周镳被杀前后，大范围捉拿行动开始，陈贞慧、吴应箕、顾杲、沈寿民、侯方域以及太冲，都已批准逮捕。好在大家事先得到消息，四处逃散，如侯朝宗过江逃至史可法幕下，孔尚任《桃花扇》就写到这个情节。
太冲的此番遭遇，有人存在误会，例如身任《黄宗羲全集》执行主编的吴光先生于其《黄宗羲与清代浙东学派》一书这样写：
黄宗羲与顾杲一起被捕入狱，第二年五月，清军攻下南京，弘光政权瓦解，黄宗羲才得以乘乱脱身，回到家乡。
明指太冲已经被捕，完全搞错。太冲实际是逃脱了，并未被捕。不过，吴著如是说，亦情有可原；它显然是由全祖望《梨洲先生神道碑文》的几句话，生出误会：
而公以朝不坐谓太冲布衣燕不与谓太冲置身北京之外之身，挂于弹事遭到弹劾，闻者骇之。继而里中阉党徐大化侄、官光禄丞者复疏纠，遂与杲并逮。
“遂与杲并逮”，径读之，确易理解为“黄宗羲与顾杲一起被捕入狱”；然而全氏后面还有一句：“公等惴惴不安，驾帖未出，而大兵至，得免。”驾帖，即刑科签发的逮捕公文。这里讲得很清楚，逮捕令确有，然未曾发出，而恰在这时清兵至，事寝。此情节，《年谱》表述得更具体些：
时邹掌院虎臣，与子方有姻连，故迟其驾帖，公踉跄归浙东。未几，大兵至，得免。
再看太冲自述：
孽逆原任署正徐禹英希阮大铖旨，参顾杲、黄宗羲……于是禹英参杲、宗羲，下法司逮问。左佥都御史邹之鳞，杲之姻也，迟之，而北兵已下，不竟其狱。
按：以上两段引文，各有一处错误；“邹之鳞”系邹之麟之误，其表字应为“臣虎”而非“虎臣”。邹之麟乃明末清初一位不错的画家，弘光间官居左佥都御史。他和顾杲为姻亲，正是他利用职务之便，拖延了逮捕令的发出，使顾、黄有机会逃走。随后清兵南下，事情遂不了了之。故而全祖望所谓“并逮”，仅指确已有逮捕令，但后面随又补充说明，这张已有的逮捕令，被压下或延迟执行了。