黄尊素蒙冤血海，死不瞑目。但千般恨愁之中，有一点大概可让他聊为自慰，那就是总算赶在被逮之前，为长子完婚。
天启五年，麟儿年满十六岁。是年年底，娶同邑叶氏为妻。亲事当然是父亲做主替他订下。新娘子比新郎官年齿还长一岁，乃叶六桐之女。说起叶家，底蕴比黄家可要深厚许多。叶六桐曾任广西按察使，本人是名诗人和剧作家；论其祖上，则“宋石林先生梦得先生之后也”。叶梦得，号石林居士，是两宋间南渡前后的大词家，官至刑部尚书。
十六岁，为明代男子法定婚龄。麟儿既娶，标志着他的成人。依礼，古时对已成人的男子不便直呼其名，或者说，本名仅供本人自称，旁人直呼其名都为失礼；故有身份的人家子弟，要另取一个与本名含义相关的别名，作为表字，作为与人交际之用。黄尊素为麟儿所起表字，是“太冲”。眼下麟儿既已成人，我们也就不宜仍呼乳名，而应依其表字，改称他太冲。
新婚不过三个月，缇骑就将父亲缉拿。太冲“送至郡城”，郡城即绍兴。到绍兴后，不能再送，父子就此分手，不意竟成永诀。饯别时，黄尊素请他的好友，此时亦因得罪阉党削籍还乡的大儒刘宗周，收太冲为弟子。虽非托孤，心迹相同。古云，一日为师，终身为父；对男孩子来说，良师的意义不逊慈父。完婚、拜师，从黄尊素替太冲最后安排的两件事来看，他于此去的结局，胸中仿佛已经豁然。
又三个月，凶信自京传至。姚夫人“痛哭至晕绝”，祖父黄日中“大书‘尔忘勾践杀尔父乎’八个字”贴在太冲每日出入处。失父之痛，在男孩当更为刻骨，盖因所失远不止父爱，每个男孩都下意识以父亲为榜样，故而失父对于他们还有一层精神归属的亡佚之痛。
许多年后，两位好友为他六十之寿，写来贺文，他却因此锥怀伤臆：
某不胜愕然，如昏沉梦中，忽然摇醒，记忆此身，方才痛哭。某十七失父，斯时先忠端公年只四十三耳，某亦何忍自比先公，而以四十三年私为己有，乃不意顽钝岁月，遂赢先公之十七，某之赢一年，是先公之缩一年也，何痛如之！人子之寿其父母，大约在六十以后，最蚤则五十耳。某不得遇先公之五十，申其一日之爱，又何敢自有其五十、六十乎？先公就逮之日，题诗驿壁云：“中官弟侄皆遗荫，孤孽何曾敢有儿。”齿发易销，斯哀难灭，是马毉夏畦皆得为寿，惟某有所不可也。
这时，距父亲之死四十三年。父亲时年四十三岁，自己十七岁，至今自己又比父亲多享十七年人寿。这几个数字巧合，令太冲五味杂陈、莫可名状。在他心里，无喜可言，反为至恸。几十年浑浑噩噩，少年失父那份哀悃深深压在心底，眼下被朋友贺寿“忽然摇醒”，令他面对如此凄惨的人生。“齿发易销，斯哀难灭”几个字，可让我们了解四十三年前一幕，于太冲是怎样挥之不去的噩梦。
巨祸突降，太冲因长子长孙之故，虽龄仅十七，肩膀尚犹稚嫩，也不得不担起整个家庭的重担。
首当其冲的难题，是所谓“完赃”。如同历来惯用的手法，魏忠贤搞的是政治迫害，加诸政敌的罪名却为贪贿。下狱东林诸君，不同程度被追赃，几万两至数千两不等。黄尊素被追数目算少的，两千八百两，饶是如此，对家底并不厚实的黄家来说，亦属惊人巨款。然而钱款一日未齐，则酷刑严拷一日。后来，太冲给崇祯皇帝的颂冤奏章述之：
臣痛父血比，遍贷臣乡之商于京者，并父之同年门，至差足交赃将完，而杀机遂决矣。
眼看将要缴毕，人却已活活打死。由这段叙述我们又知，父亲逮去后，太冲紧跟着也北上京城，在那里四处求贷。短短两年，这座城市对于昔时御史官邸少爷来说，可谓冰火两重天。
重创之下，黄家生计维艰。“先忠端公殉节之后，室如悬磬”，太冲几以一人之力支撑所有。父亲扔下其弟兄五人，除他以外，皆在冲龄，而上有母亲姚氏、祖父母，下有妻室、子女。过了几年，几个弟弟也先后成亲，更是“食指繁多”。太冲忆那十来年的日子：“际此丧乱，藐是流离，身挽鹿车，投足无所”，“自念养生送死，多少不尽分处，未尝不痛自勉强”，“不孝支撑外侮，鞅掌家塾”，“夏税秋粮，犹不孝一人办之”。家中老的老小的小，既要养生送死，又要应付“外侮”乡闾有阉党同伙，趁机落井下石、滋生事端，还要担负弟弟们的教育、帮助他们成家，沉重的税赋更险些将他压垮。
其子黄百家《先遗献文孝公梨洲府君行略》，对这一段经历有详述，谓之“府君少丁家难，母寡弟幼，覆巢之下，仅存完卵，兼之祸患频仍，太冲内外百凡，只身肩距”。具体谈到四件事。
一、为祖父黄日中采备棺木：“曾王父病革，匠事未敦，府君步行四百里，冒暑至诸暨，购归美槚，计直二百金。曾王父力疾出视，摩挲久之，喜曰：‘汝后日即封赠及我，亦是虚名，今日之孝乃实事耳。’”古人极重棺椁，视为最后归宿。太冲知祖父心事如此，勉力为其了此愿，二百金想是东借西凑而来，不假舟楫、靠脚力徒步四百里，无非是为了省几个钱。
二、安葬父亲黄尊素：“先王父丧归，卜葬隐鹤桥，乡人之在逆案者甚妒，天子有表章忠义之事，出而为难，府君御之。已建王父祠于西石山，又出为难，府君号于当事，蕺山助之曰：‘不佞，白安先生之未亡友也，请以螳臂当之。’卒得御史萧公奕辅助金，推官陈公子龙作祠堂碑铭，檄县立石，又邀两冯公留仙、邺仙暨陆文虎、万履安、刘瑞当凡数十先生，会祭祠下，大鸣攻鼓，而逆党始沮。丙子，王父迁葬化安山，明年二月，分守台绍道谢公云虬奉命论祭，府县各官绅士皆来，馔者数千人，府君应之，不露寒俭之态。”黄尊素灵柩归故里时，客魏已倒，但乡间阉党气焰不减，对下葬颇事刁难，太冲勇于抗争，得刘宗周等支持，才办成葬事。后来迁葬化安山，此时阉党不复嚣张，仪式比较隆重，太冲虽然年轻、家贫，在整个过程中却能应对自如，亢卑得体。
三、抚教诸弟：“叔父辈四人，王父被难时，四叔父司舆、五叔父孝先更幼，读书任之外傅。二叔父晦木年十一，三叔父泽望年九，府君身自教之……如是两叔父学成矣。为娶二叔父徐、冯两叔母，三叔父刘、梁两叔母，四、五叔父宋、姚两叔母。”二弟黄宗炎、三弟黄宗会，俱系太冲一手教成，四个弟弟中，恰也是这二人后来学识文章最好。他还替每个弟弟娶妻办婚事，二弟、三弟甚至各娶两房。
四、完纳田赋：“庚辰，点解南粮，充是役者，家无不覆，又值岁连大饥，叔祖辈皆相向而泣。府君告籴黄岩，一身竭蹶，又值遏禁甚严，驰驱台、越间，谋于王峨云、倪鸿宝、祁世培先生，而其事得集。”明代从宫廷供应到官俸、军饷，专赖“南粮”，东南一带田赋极重，且不光纳粮，还得负责运输，所谓“点解南粮”即民间完赋者轮值充任征解工作，不能完成，唯点解人是问。庚辰年即1640年，轮到黄家负责“点解”。时连年灾乱，饷粮极缺因而“遏禁甚严”，然而历来人口、田亩实际变动极大，朝廷却概不理会，仍按从前登记在册的情况征收，充点解者无不焦头烂额。太冲四处奔走，所幸得到绍兴几大望族帮助，将事情应付下来。有此亲身经历，难怪他日后在《待访录》里严厉抨击赋税政策及朱棣“都燕”永乐迁都北京，造成南粮北解的沉重负担。
太冲生于安逸，而长于忧患。家中横遭变故，与成人同时。无忧无虑的少年时代戛然而止，旬月间踏入完全不同的人生，黄百家感叹这巨大悬殊，以“劳逸之判，逾于霄壤”形容，说父亲就此“茹苦一生”。然而有道是生于忧患，死于安乐。艰辛苦难，磨砺了太冲性格，亦廓大了其胸襟，令他为人治学迥异乎通常的“世家子”，身为书生却有一番罕见的豪杰气概。