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赛福基因:治病从 DNA 开始

时间:2024-11-02 05:09:30

以“众筹智慧”的方式,快速积聚专家人才,让基因数据分析这一完全依赖人和设备的技术服务,越来越自动化、智能化。

贺文/文

有没有办法将癌症转变为可控的慢性病?“人类所有的疾病除了创伤以外都和遗传基因相关,其实癌症就是一种基因组疾病。”余伟师对美国国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth,NIH)院长弗朗西斯·柯林斯说过的这句话,一直记忆犹新,冥冥中他和同伴创业赛福基因也与这句话有关。

如何通过基因层面来防治癌症?要通过基因检测和与之相对应的解决方案。而现实的状况是,中国目前还缺乏完整的数据库,其次是生物信息分析和解读时效低、成本高,此外基因检测服务和临床医生之间存在断层,有效沟通不足而导致检测报告不容易被理解。基于这些痛点,赛福基因团队决定放弃美国的工作,回国创业,他们的愿景是,结合生物信息学和分子医学的技术去开发基因数据分析平台,帮助医生更精准地对疾病患者,尤其是癌症病人的诊断分型与治疗。

众筹智慧

在创立赛福基因之前,余伟师在NIH下属的最大机构——美国国家癌症研究所从事博士后研究。那个时候关于基因测序“精准医学”的计划还没有被美国总统奥巴马正式提出来,他一直在思考一个问题:有没有办法让这些研究基因数据的科研学者跟医生合作把致癌的可控因素查出来,增强医生对疾病诊断的准确率,提高癌症治疗的有效率,或者说把癌症变成一种可控的慢性病。

幸运的是,期间余伟师遇到了志同道合的人。创业初期,5个同伴,有住纽约的,有住新泽西的,有住华盛顿的,有学生物信息学的,有研究分子医学的,有学分子遗传学的,还有在耶鲁大学读应用数学的博士、毕业后开始做基因数据分析的,大家利用周末电话会议凑在一起,头脑风暴,讨论如何整合不同专业的专家学者智慧、把基因组数据分析的流程制定出来。

余伟师本人有11年的基因和疾病相关领域的研究经验,2013年开始创建这个团队,2015年带着团队回国创业,其他的联合创始人,比如,技术总监刘湘涛是耶鲁大学应用数学博士,市场负责人贾洪涛是俄亥俄州立大学生物医学博士,运营负责人梁萌萌是南加州大学病理生物学博士。

待到赛福基因回国创业时,已经是整合了64位美国博士专家的团队,通过两年时间构建了与基因有关的三大数据库网络——疾病、基因、药物之间的关联,其中包括11000多种疾病相关的基因与基因突变位点信息;通过数据库的整合,构建自动化、智能化的基因数据分析平台;同时他们也注意严格把控数据的安全性,将数据端、分析端和应用端隔离,从源头杜绝数据的安全问题。

在这个过程中,伴随着基因数据量的增加,团队如何解决专业分析与解读的速度问题?“虽然说我们单个样本分析能保证时效,如果大量的样本数据来了怎么办?我们从有这些想法起就开始以‘众智’的理念,众筹智慧,吸收更多的专家学者参与进来。”余伟师介绍,回国后,团队专家一部分全职在北京,另一部分在海外以“顾问”的形式为赛福基因提供智慧支持。余伟师摄影/范永恒赛福基因专注于中国人基因组大数据在健康管理与疾病诊疗领域的产业化应用,希望建立中国人的基因数据库,也希望打造出国际一流的基因数据分析平台其中是否涉及学术专利的问题?余伟师说,团队对此相当谨慎。一方面,这些顾问在贡献自己的知识智慧时,并不占用其所在机构的资源,比如他原来做基因组分析是用老鼠做样本,在赛福基因的顾问服务则是将这些分析原理运用到人体样本上;另一方面,针对疾病和癌症,他们会利用一些公开的文献数据库,整合一些有价值的信息、以建立赛福基因的相关数据库,这也是“顾问”能够贡献智慧的;再者,赛福基因在美国也有自己的专业律师顾问,从一开始就对这些风险进行把控。

“人”,以平台的形式、共享经济的方式聚拢这些基因数据分析领域的专业人才,是赛福基因的一大优势。余伟师介绍,在全球范围来看,基因检测技术领域里专家级别的人才,主要集中在美国,而且培养的成本都很高。相较而言,生物信息学在中国是这几年才兴起来的,而且基因检测某种程度上是“综合性”学科,真正要做生物信息学的分析,至少得有数学、生物学两方面的专业背景,甚至是将计算机技术一起结合使用。同时,在中国做生物信息分析的成本非常高,还没有非常专业的遗传咨询师,时效性就降低了,而且要从美国聘请相关专家回国成本相当高。

搭建基因数据分析平台

如何以“众筹智慧”的方式,快速积聚专家人才?如何让基因数据分析这一完全依赖人和设备的技术服务,能够越来越自动化、智能化?这是基因检测领域的玩家们都在思考的,在中国这个领域的先进入者如华大基因,创新团队如赛福基因皆是。

赛福基因现在一方面在完善基因数据分析的相关数据库建设,另一方面在推进自动化、智能化的基因数据分析平台的IT化建设,最终要实现在平台前端将客户原始数据上传,最后能够看到相对简单直接的数据解读结果信息。

在余伟师他们的设想中,当整合了一定数量的专家博士做平台级的服务,慢慢建立中国人自己的数据库,结合自动化、智能化的基因数据分析平台,赛福基因能更高效地与国内的医院、科研机构、第三方检测机构进行深度合作。

余伟师说,赛福基因专注于中国人基因组大数据在健康管理与疾病诊疗领域的产业化应用,希望建立中国人的基因数据库,也希望打造出国际一流的基因数据分析平台。

赛福基因一方面与之前医院的合作项目不断深入,比如北大肿瘤医院,展开了多个项目的深度合作,在不同胃癌表型的临床样品中,挖掘潜在的与致病以及药物敏感性相关的生物标志物,已经取得了很好的结果;另一方面,在过去的几个月内,凭借赛福基因数据分析与个性化解读的核心优势,与国内外十余家三甲医院,以及美国克利夫兰医学中心(CleavlandClinic)、美国俄亥俄州立大学医学院等建立了紧密合作关系,其中包含临床产品推广与临床基础研发,涉及肿瘤、心血管疾病、神经性疾病、糖尿病、自闭症等多种疾病的临床诊断与治疗。此外,赛福基因已经与诺禾致源、药明康德、云健康、海普诺斯、瑞奥康晨、百诺等第三方检测机构建立合作关系,就其各自的需求提供数据分析或解读服务。

相较于美国的基因检测和抗癌药物研发,以及癌症临床治疗之间已经形成短期或中长期的互动关系,中国在这方面才刚刚起步。余伟师他们希望,赛福基因能够将中国人基因组数据库规模做到百人基因组、千人基因组、万人基因组……把更多的基因组数据收集起来,再去结合临床的实验、新药的研发,去推动精准医疗在中国的发展。关于数据共享与基因信息的保密机制,他们也乐意保持开放的态度与合作单位以及相关政府部门深入探讨。

当然,时间是最大的成本。余伟师他们乐观估计,这个过程至少需要五年以上的时间。
   

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